Nội dung trưng bày được chuyển tải đến người xem qua các hoạt động:

- Trưng bày cố định: Nội dung trưng bày cố định của Chủ tịch Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế được chuyển tải qua hệ thống trưng bày gồm 08 chủ đề, với diện tích trưng bày 600m², nhằm giới thiệu với khách tham quan 2 nội dung chính: Những năm tháng Chủ tịch Hồ Chí Minh và gia đình ở Thừa Thiên Huế và Bác Hồ với Thừa Thiên Huế, Thừa Thiên Huế với Bác Hồ. Đây là phần trưng bày được khánh thành vào năm 2000, theo dự án xây mới nhà Bảo tàng và được đưa vào phát huy giá trị, đây là nội dung trưng bày chính của Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế.

Hệ thống trưng bày cố định được chú trọng đổi mới theo thời gian, những cố gắng của Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế trong chỉnh lý trưng bày luôn được áp dụng những tiến bộ khoa học, những biện pháp và hình thức trưng bày mới, nội dung được bổ sung phong phú, đáp ứng yêu cầu của khách tham quan.

- Các chuyên đề triển lãm ngắn hạn, lưu động: Nhằm làm phong phú thêm hình thức và nội dung tuyên truyền tại Bảo tàng, các triển lãm ngắn hạn, lưu động được tổ chức trưng bày xoay quanh các chủ đề liên quan đến TTSN Chủ tịch Hồ Chí Minh, để khách tham quan, đặc biệt là nhân dân các vùng sâu, vùng xa có điều kiện tiếp cận, tìm hiểu về Chủ tịch Hồ Chí Minh, đồng thời cũng kịp thời giới thiệu các tư liệu, hiện vật mới sưu tầm được về Người. Thời gian qua Bảo tàng đã xây dựng được những chuyên đề mang đặc trưng riêng của Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế: Những người con ưu tú của Thừa Thiên Huế được Chủ tịch Hồ Chí Minh dìu dắt và đào tạo; Nghệ nhân dân gian Huế với Chủ tịch Hồ Chí Minh; Đồng bào miền Tây Thừa Thiên Huế với Chủ tịch Hồ Chí Minh; Sưu tập truyền đơn…