Trải qua hơn 40 năm hình thành và phát triển, Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế ngày càng phát triển vững mạnh về mọi mặt. Nhiều năm liền đơn vị được lãnh đạo Tỉnh, Bảo tàng Hồ Chí Minh Trung ương, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đánh giá là một trong những đơn vị đạt được nhiều thành tích xuất sắc trong thời kỳ đổi mới. Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế đã vinh dự đón nhận nhiều danh hiệu cao quý:
- Năm 2003: Đơn vị được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) tặng cờ “Đơn vị thi đua xuất sắc ngành Bảo tồn Bảo tàng”.
- Năm 2005: Đơn vị được tặng thưởng Huân chương Lao động hạng III của Chủ tịch Nước.
- Năm 2007, 2015, 2017: Đơn vị được tặng Bằng khen của Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch.
- Năm 2010, 2020: Đơn vị được tặng Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.
- Nhiều năm được UBND Tỉnh tặng Bằng khen và công nhận danh hiệu lao động xuất sắc.
Huân chương Lao động hạng Ba
Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ 2010
Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ 2020
Đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua xuất sắc ngành Bảo tồn Bảo tàng năm 2019