Năm 1894, cụ Nguyễn Sinh Sắc (thân sinh của Chủ tịch Hồ Chí Minh) thi đỗ Cử nhân ở trường thi Hương Nghệ An, năm 1895, cụ vào Huế thi Hội nhưng không đỗ. Chuẩn bị cho kỳ thi sau, cụ xin vào học trường Quốc Tử Giám ở Huế và được chấp nhận. Để có điều kiện chăm sóc con cái và gia đình, đồng thời là tạo nguồn động viên trong những tháng ngày đèn sách, cụ về quê, cùng vợ là bà Hoàng Thị Loan đưa hai con trai là Nguyễn Sinh Khiêm và Nguyễn Sinh Cung vào Huế. Nhờ người quen giới thiệu, cụ thuê được một gian nhà nhỏ ở đường Đông Ba (là ngôi nhà di tích hiện nay).

Tại ngôi nhà này, Nguyễn Sinh Cung (tên Bác Hồ lúc nhỏ) đã sống những năm tháng hạnh phúc cùng gia đình: Người cha mẫu mực nhưng nghiêm khắc, đêm ngày chuyên tâm chăm lo việc đèn sách; người mẹ hiền từ, đảm đang, tảo tần bên khung cửi; niềm vui khi đón em Nguyễn Sinh Xin chào đời. Nhưng ngôi nhà này cũng in đậm trong tâm hồn Nguyễn Sinh Cung nỗi đau mất mẹ, tiếng khóc khát sữa của em thơ. Và sự yêu thương, đùm bọc của bà con nghèo xứ Huế trong những ngày gian khó chính là nghĩa tình sâu nặng, những giá trị văn hóa góp phần hình thành nhân cách đạo đức và chủ nghĩa nhân văn Hồ Chí Minh - Người suốt đời phấn đấu vì độc lập, tự do của dân tộc, hạnh phúc của Nhân dân.

Di tích Nhà lưu niệm thời niên thiếu của Chủ tịch Hồ Chí Minh tại đường Mai Thúc Loan đã được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia theo Quyết định số 74/VH-QĐ vào ngày 2/2/1993, được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng di tích cấp quốc gia đặc biệt theo Quyết định số 2280/QĐ-TTg ngày 31 tháng 12 năm 2020.